Todas las células del cuerpo contienen información genética en forma de un compuesto químico llamado ADN. El ADN forma dos cadenas extensas y enrolladas (doble hélice) que se organizan en estructuras llamadas cromosomas. Los genes son secciones del ADN que sirven como códigos (similar a una receta) para fabricar otras moléculas, como las enzimas. La ubicación de un gen corresponde a una posición específica en un cromosoma específico.

Los seres humanos tienen 23 pares cromosómicos; uno de esos pares son los cromosomas sexuales. En las mujeres, ambos cromosomas sexuales son cromosomas X, y en los hombres el par consiste en un cromosoma X y un cromosoma Y.

El gen que codifica la enzima I2S se denomina IDS y se ubica en el cromosoma X, por lo que se dice que el síndrome de Hunter está ligado al cromosoma X. El síndrome de Hunter es recesivo, lo que significa que si la persona tiene una copia saludable del gen, la enfermedad no se manifestará.

Los hombres solo tienen un cromosoma X. Esto significa que si el cromosoma X tiene el gen IDS mutante, desarrollará el síndrome de Hunter. Por este motivo, el síndrome de Hunter es mucho más frecuente en hombres que en mujeres; en los hombres, solo es necesaria una copia mutante del gen IDS para desarrollar el síndrome.

Los hombres solo transmiten cromosomas X a sus hijas, por lo que la hija de un hombre con síndrome de Hunter heredará un gen mutado. Los hombres solo transmiten cromosomas Y a sus hijos, por lo que no pueden transmitirles un gen IDS mutado.

Una mujer con un gen IDS mutado en un cromosoma X y un gen saludable en el otro cromosoma X no tendrá síndrome de Hunter, pero se la denomina portadora. Esto significa que puede transmitir el gen IDS mutado a sus hijos. Transmitirá uno de sus cromosomas X a su hijo, por lo que hay una probabilidad del 50% de que el cromosoma transmitido sea el gen IDS mutado.

En muy pocos casos, una mujer puede desarrollar síndrome de Hunter. Esto puede ocurrir porque el cromosoma X con la copia saludable del gen IDS tiene otro problema o porque es posible que haya heredado dos cromosomas X que contienen un gen mutado.